法华地区兴起于北宋开宝年间，李漎泾在其境内。公元970年在泾北建法华禅寺，香火鼎盛，商贾云集。明代在该区域发展为镇，因寺得名。法华镇距上海县城（今中华路、人民路环线内）不远，交通方便，所以商贾云集，市廛兴旺。清乾隆、嘉庆年间（1736年——1820年）进入鼎盛时期。
法华牡丹源于洛阳牡丹。这在历史文献中有明确记载：南宋初年，洛阳花工到南方避难，来到法华地区，并将洛阳牡丹花种带到此处培育。但由于江南地区地下水系过分发达，造成性喜干燥的洛阳牡丹根系无法适应江南水土，培植中大量的牡丹根系由于水源过足而腐烂。洛阳花工因地制宜，在多次嫁接实践之后，终于找到了一种成功培育的方式，首创用适应江南水土的扬州芍药根系与洛阳牡丹进行嫁接，成功培育出一种以盆栽为主的牡丹精品，因其生长在法华寺所在地区而取名法华牡丹。
明代时期法华寺地区商贸繁盛，因寺建镇，以寺名为镇名。到清代时期法华镇成为乡绅富贾聚集之地，私家园林林立，大量种植法华牡丹。著名牡丹种植园漎溪园有郭姓花工，创用“牡丹接种法”，“取单瓣芍药根，于八九月贴嫩芽，与洛阳不同，宜植沙土，移它处则不荣，即邑中（指松江府上海县地区）艺圃亦必取法华土植之，始得花而茂丽终不及。故法华有‘小洛阳’之号”。法华牡丹经过长时期的嫁接改良已经成为法华之土生土长之事物，完全适应江南法华镇水土，成为法华镇重要标示。法华牡丹与洛阳牡丹相提而论，成为法华镇的标志。王韬《瀛壖杂志》载曰：“法华牡丹甲四郡”。
后历经数次战火的波及，法华寺与法华镇众多种植牡丹的园林被摧毁。1958年，填李漎泾为法华镇路，法华牡丹在该地丧失生存空间，但为了保留这一历史悠久的牡丹名种，将法华牡丹迁往中山公园，并由此重建中山公园牡丹园。法华牡丹嫁接技术也由此传到中山公园，并通过老一辈园艺师向新一代园艺人口传心授的师徒传承过程，这种栽培技术保留至今。中山公园牡丹园是现今法华牡丹唯一的栽种地，法华牡丹数量稀少，栽培技艺因其繁琐复杂，不适于现代养殖培育方式，传承困难。
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