徐霞客在第一次游览天台的游记中，多次提到国清寺，而他几次攀登天台山期间，主要的栖身之所就是这座“千年古刹”，他还在这里结识了不少有德行的僧人。然而，对于国清寺内的建筑布局，他却只字未提，因为徐霞客老前辈大多关注的是风景、地势、地貌、水系等自然地理特征，对于人文景观，多是一笔带过，很遗憾无法通过他的游记了解明代国清寺的全貌。

作为“千年古刹”，国清寺历史上主要经历了三个发展时期：隋唐、宋、明清。现存建筑大部分是雍正年间奉旨重修的基础，因此一进寺院山门，头一座殿（弥勒殿）的门楣落款处就有“雍正十二年”的字样。

国清寺的建筑格局是由五条南北向的轴线贯穿，东面为僧人起居的场所，西面则为修行陈列的地方，正中央的轴线，跟一般寺院一样，依次排列着主要佛殿，例如弥勒殿、大雄宝殿、药师殿、观音殿等，殿中的格局，与一般的中国佛殿差别不大，无须在此详文赘述。

需要专门一提的，是位于大雄宝殿前的雨花殿。雨花殿前左右分立钟、鼓两楼，殿里供奉的是“四大天王”的雕像，这座殿堂在别处一般是称作“天王殿”的，而且天王殿跟前头的弥勒殿常常是同一个殿。正中供奉的是弥勒佛，背后供奉金身韦驮佛，左右两侧分别供奉“风、调、雨、顺”四大天王，对应四方。《水浒传》中曾有“鲁智深醉打山门”一出，讲的就是供奉弥勒和天王的“天王殿”（也叫“山门殿”）。而在国清寺中却有所不同，将一个殿拆成了两个殿，于是在雨花殿里，中间空空荡荡，可以过穿堂风，是不供奉任何佛像的。相传智顗法师在天台山上讲解《妙法莲花经》，讲到妙处，竟然感动上苍，下起了神话中才有的法雨天花，“雨花殿”的名字，就由此而来。

雨花殿后是寺院的主殿，即大雄宝殿，建筑结构与前面的小殿不同，高大宽敞，是重檐（两重屋檐）的屋顶。殿内的释迦牟尼铜像为明代所铸，像后则有慈航普渡群塑，跟灵隐寺的“大雄宝殿”颇有几分相似之处，两侧的十八罗汉年代更早，是元代的木雕，算是殿中的“前辈”老古董了。

大雄宝殿后面，是一块更高的平台，依山势而建，与寺院的前半部分以石阶相连。隋代的国清寺，就建在这块山坡上。顺着石阶而上，是最后两座位于中轴线上的佛殿：药师殿和观音殿。观音殿的海拔位置，正好在大雄宝殿的屋檐之上，其建筑结构也类似，是所谓“重檐歇山顶”。观音殿供奉千手观音金像，殿门前的一副对联，佛理精深，写的是：“五蕴皆空，何处无真身示现；一尘不染，此中有妙相庄严”，乃是清末进士、国学大师俞樾所题。两句话正好概括了智顗法师在此讲经说法修行的事迹，也道出了“天台宗”的教义根源。

观音殿是国清寺的最高处，在这里可以俯瞰整个国清景区的建筑群，而从观音殿也可通往寺内的其他小景点。走下殿前石阶，左手边（即东面）有个高墙黑瓦围起来的小院子，里头有一柱著名的“隋梅”，据传是智顗法师的弟子灌顶法师亲手种植，如此算来，至今也有一千四百岁了。传说隋代一名女子为了逃避当地阔少的逼婚，女扮男装藏在了国清寺，并为灌顶法师做了许多整理经卷的工作。后来阔少暴病身亡，女子离开寺院，就留下了一包梅核。灌顶法师在院内种下梅核，就是今天的这棵梅树。树前有赏梅小亭一座，一路游逛至此，正好歇息片刻。

与隋梅对应，大雄宝殿的另一侧，便是寺内藏经的妙法堂，取自阐释“天台宗”主要教义的《妙法莲华经》之名。妙法堂也是“天台宗”教派讲经说法的重要场所，类似于我们常常见到的报告厅和礼堂。

妙法堂再往前，是一条长长的廊道，中间会经过一笔“鹅”字碑。有趣的是，所谓“一笔”，却是“两碑”，这块碑分为两部分，右半边是王羲之真迹，原先的左半边已经湮没不可寻，现存部分是天台本地的曹抡用了七年时间，临摹无数碑帖，最终补写完成的。此事出自《国清寺志》，亦为国清寺的一段佳话。如今看到的一笔“鹅”，真正是浑然一体，难分真伪。

廊道的尽头，是一片开阔的大院，大院中央座落着 “罗汉堂”。天台山相传最初有五百罗汉修行，因此罗汉堂内就摆满了整整五百尊罗汉像，并且重修不久。每一尊罗汉都是雕弓细致、神态各异、栩栩如生，徜徉其中，令人赞叹，真是一座难得一见的雕塑殿堂。